新疆医科大学校徽于1998年设计使用，分别于2006 年及2008年进行部分修改后确定为公开使用的学校标志。外部双环形代表团结一致，环形中分别以维吾尔语、汉语及英语标明学校名称，内部环形图案主要寓意为“天山脚下的新疆医科大学”和“勇攀高峰”，天山形状为字母 “X M U”三个字母变形重叠组成即新疆医科大学英文缩写，下部建筑图案为具有典型苏式建筑风格的老行政楼图片缩影及学校创立时间，标志着新疆医科大学50 余年的悠久办学历史。现有校徽体现了学校标志性建筑、中英维文校名、建校时间（1956 年）等要素，设计应蕴含着新医大的特色，具有明确的识别性并给人以简洁、明快、肃穆之感。
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